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質問源泉徴収票と納税通知書の控除額が違っていますが、間違っていませんか

回答

間違いではありません。

源泉徴収票に記載されている控除額は、所得税における控除額ですが、納税通知書に記載されている控除額は、個人市県民税における控除額であることから、控除額に違いがあります。